Urodzony w listopadzie 1532 roku w Zbąszyniu w rodzinie ubogich rzemieślników. Przygotowywany przez matkę do stanu duchownego, do 17 roku życia utrzymywał się z pełnienia posług kościelnych.

Pierwsze lata życia Marcina Czechowica są niemalże nieznane. Wiadomo o jego rocznym pobycie na uniwersytecie w Lipsku (1554), jednakże nie wiadomo, gdzie zdobył gruntowne wykształcenie. Po raz pierwszy z jego nazwiskiem jako działacza reformacyjnego spotykamy się w roku 1555 na synodzie w Gołuchowie; ok. roku 1559 przenosi się Czechowic do Wilna na stanowisko organizowanej przez Radziwiłła Czarnego szkoły kalwińskiej.

W związku ze sprawą Blandraty, którego chciał Radziwiłł pojednać z Kalwinem, wysyła on Czechowica z poselstwem do Szwajcarów (1561). Misja ta skończyła się fiaskiem. Po powrocie działalność Czechowica sprzęga się bez reszty z polskim, kształtującym się antytrynitaryzmem. Z pod jego pióra wychodzi wielki list-memiorał Radziwiłła do Kalwina usiłujący przekonać genewskiego reformatora do trydeizmu.

Propagowany przez Gonezjusza na Litwie anabaptyzm znalazł w Czechowicu gorącego rzecznika, który rychło stał się zdecydowanym przeciwnikiem chrztu niemowląt i odbył nawet szereg dysput. Po śmierci Radziwiłła przenosi się do Jana Niemojewskiego na Kujawy. Początkowo dyteistyczna gmina kujawska, biorąca czynny udział w dysputach i synodach i dokonująca ponurzenia ok. roku 1568, ostatecznie przechyla się na stronę unitarian, co potwierdza już synod w Bełżycach.

Wraz z Niemojewskim i grupką szlachty kujawskiej bierze Czechowic udział w "nieustającym synodzie" rakowskim. Wobec anarchistycznych dążeń radykałów z Rakowa przyjmuje Czechowic ostrożne stanowisko, jako jedyny nie zrzekając się urzędu ministra. W roku 1570 Kujawianie opuszczają Raków i przyjeżdżają do Lublina, tworząc jeden z najbardziej prężnych ośrodków polskiego arianizmu.

To tutaj dla Marcin Czechowica jest to szczytowy okres znaczenia i działalności. W Lublinie rozpoczyna swoją systematyczną działalność pisarską wydając takie dzieła jak "Rozmowy chrystyjańskie" (1575) będące kompendium poglądów arianizmu przedsocyniańskiego, a także przekład Nowego Testamentu (powtórnie wydany w 1594). Do jego licznego dorobku pisarskiego należą również "Respons na skrypt St. Farnowskiego" (1581), "Rozsądek na wykład katechizmu ks. P. Gilewskieg" związany z dysputą z kalwinami w Lewartowie (1580), "O pochodzeniu błędów pedobaptystów" (ok.1582) i in. Marcin Czechowic brał również udział w okresie narastającego terroru wyznaniowego w licznych dysputach przeciw jezuitom.

Czechowic zaznaczył także czynny udział w sporach z Budnym i prawicą litewską wokół zagadnienia wojen i urzędów na synodzie w Łosku 1581. Po śmierci Niemojewskiego pozbawiony oparcia w przyjacielu zostaje zmuszony do opuszczenia swego stanowiska (1598). Wiódł spory ze swymi młodymi następcami W. Szmalcem i K. Lubienieckim, popierany przez część członków zboru lubelskiego. Ostro także polemizował z Socynem na seminarium rakowskim 1602. Umiera w roku 1613 (listopad) pozostawiając nieliczną grupę zwolenników niechętnych w stosunku do Socyna.